Tinh thần (Tinh thần/Tư duy) không phải là một thực thể độc lập tách biệt khỏi vật chất, mà là chức năng cốt lõi được thể hiện khi hệ thống vật chất tiến hóa đến giai đoạn cao cấpchức năng cốt lõi. Từ góc nhìn khoa học hệ thống, tinh thần là chức năng cấp cao thể hiện khi vật chất tổ chức cao độ — bộ não con người — xử lý thông tin và phản ánh hiện thực xã hội, đánh dấu bước nhảy vọt chức năng từ "phản ứng thụ động" sang "biểu trưng chủ động".

1. Bậc thang tiến hóa: Từ vật chất đến tinh thần sơ khai

Sự hình thành tinh thần tuân theo quy luật tự tổ chức phổ biến trong tự nhiên. Trong một bậc thang liên tụcbậc thang tiến hóatrong đó, các hệ thống đơn giảnhệ thống tự tổ chức phi cân bằng phi tuyến tính(ví dụ như cấu trúc khuếch tán) đã thể hiện một số đặc trưng phù hợp với hiện tượng tinh thần, đánh dấu khởi điểm cho sự hình thành hiện tượng tinh thần từ chuyển động vật chất.

2. Hiện tượng tiền tinh thần (Hiện tượng tiền tinh thần)

Hướng đích, khả năng lựa chọn và tính tự duy trì của các hệ thống phi cân bằng đơn giản được xem là "tiền tinh thần". Ví dụ, hành vi tránh chướng ngại của sinh vật đơn bào dù không có hệ thần kinh nhưng quá trình truyền tín hiệu vật lý - hóa học đã thể hiện khả năng phản xạ lựa chọn sơ khai.

3. Sự phủ định triệt để của lý thuyết hệ thống

Hiện tượng tinh thần là kết quả của quá trình tiến hóa lâu dài trong tự nhiên. Cấu trúc khoa học hiện đại đã không còn hỗ trợnhị nguyên luận trong triết học của Descartes, vì tinh thần được xem là trạng thái động lực học trật tự xuất hiện ở giai đoạn tiến hóa nhất định trong hệ thống vật chất phức tạpxuất hiện (Emergence)được tạo ra, là khả năng xử lý thông tin của bộ não.